Resident Evil Revelations 2の物語は、ファンに人気のClaire Redfieldの劇的な復帰から始まります。過去のResident Evil作品で描かれたRaccoon City事件を生き延びたClaireは、現在、反バイオテロ組織Terra Saveで働いています。Moira BurtonがTerra Saveへの歓迎会に出席していると、正体不明の武装部隊が事務所に突入します。ClaireとMoiraは意識を失わされ、後に暗く廃墟となった拘禁施設で目覚めます。協力して、誰に何の邪悪な目的で連れ去られたのかを突き止めなければなりません。二人は生きて脱出し、この孤島へ連れてこられた理由を知ることができるのでしょうか？波乱に満ちた物語が、あらゆる場面で次の展開をプレイヤーに推測させます。