Valkyria Chronicles 4 spielt im selben Zeitraum wie das ursprüngliche Valkyria Chronicles, konzentriert sich aber auf Trupp E der Föderation. Kommandant Claude Wallace und seine Kindheitsfreunde ziehen in diesem verzweifelten Krieg für die Freiheit in den Kampf. Doch eisige Schneestürme, Wellen imperialer Soldaten und die gottgleichen Kräfte der Valkyria stehen zwischen ihnen und dem Sieg.