LEGO Marvel Super Heroes, tüm Marvel Universe boyunca geçen özgün bir hikâye sunuyor. Oyuncular Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine ve daha birçok Marvel karakterini kontrol ediyor. Bu karakterler, Loki ve diğer birçok Marvel kötü karakterinin dünyayı yok edebilecek bir süper silah yapmasını engellemek için birleşiyor.