LEGO Marvel Super Heroes przedstawia oryginalną historię obejmującą cały Marvel Universe. Gracze przejmują kontrolę nad postaciami takimi jak Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine i wieloma innymi bohaterami Marvel, którzy jednoczą siły, aby powstrzymać postać o imieniu Loki oraz wielu innych złoczyńców Marvel przed zmontowaniem superbroni zdolnej zniszczyć świat.