LEGO Marvel Super Heroes erzählt eine originelle Geschichte, die das gesamte Marvel Universe durchzieht. Die Spieler steuern Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine und viele weitere Marvel-Charaktere, die sich zusammenschließen, um Loki und zahlreiche andere Marvel-Schurken daran zu hindern, eine Superwaffe zusammenzubauen, die die Welt zerstören kann.