PES 2016 zawiera mnóstwo nowych i ulepszonych funkcji, które ponownie podniosą poprzeczkę, aby utrzymać tytuł „Najlepszej gry sportowej”:

• Master League – całkowicie przebudowana, od oprawy po zarządzanie drużyną.

• Nowe oświetlenie nocne i modele zawodników z wykorzystaniem Fox Engine.

• Nowe animacje zawodników – 3x więcej animacji dla graczy i bramkarzy.

• Nowe funkcje edycji, w tym importowanie obrazów.

• Głębsza inteligencja drużyn – zachowania zawodników i zespołów na kolejnym poziomie.