Bracia powracają z zupełnie nową przygodą na pełnym morzu! Wypłyń z Mario i Luigim na Shipshape Island, która jest po części statkiem, a po części wyspą, i przemierzaj rozległy świat Concordii. Wystrzel się z działa Shipshape, by odwiedzać i odkrywać wyspy oraz wykonywać na nich zadania, od tropikalnych lasów deszczowych po tętniące życiem miasta. Po drodze poznaj nowych przyjaciół, takich jak Connie i Snoutlet, który zdecydowanie nie jest świnią, oraz spotkaj znajome twarze z Grzybowego Królestwa, w tym Peach i Bowsera. Mogą oni pomóc ci w podróży lub ją utrudnić!

Aby odnieść sukces, musisz polegać na braterskiej więzi Mario i Luigiego. Korzystaj z Bros. Moves, aby pokonywać przeszkody podczas eksploracji, oraz potężnych Bros. Attacks, które nadają walce turowej dynamiczny charakter. Do uratowania sytuacji przyda ci się każda przewaga, jaką daje ta braterska więź!