兄弟が大海原で繰り広げる、まったく新しい冒険が始まります！マリオとルイージと共に、船と島が一つになった船島に乗り込み、広大なコネクタルランドを旅しましょう。船島の大砲から飛び出せば、熱帯雨林からにぎやかな街まで、さまざまな島で探索やクエストが待っています。道中ではコネッタやタップー（断じてブタではありません）といった新しい仲間に出会うほか、キノコ王国でおなじみのピーチやクッパにも遭遇。旅を助けてくれる—あるいは邪魔をする—かもしれません！

冒険を成功させるには、マリオとルイージの兄弟の絆が頼りです。探索中はブラザーアクションで障害を乗り越え、躍動感のあるターン制バトルでは強力なブラザーアタックを繰り出しましょう。危機を救うため、この“兄弟の絆”がもたらす力を余すところなく生かす必要があります！