Little Dragons Caféは、双子の兄妹が母親とともに小さなカフェで料理や経営を学ぶところから始まります。日常は、ある朝、母親が目を覚まさないと気づくまで続いていました。突然、不思議な老人が現れ、母親を救うにはドラゴンを育てなければならないと告げます。双子は風変わりな三人のカフェ従業員と協力し、ドラゴンを扱い、家業を営みながら、母親を救う方法を探さなければなりません。