Little Dragons Café commence avec un frère et une sœur jumeaux qui apprennent à cuisiner et gérer un petit café avec leur mère. Tout est normal jusqu’au matin où ils découvrent que leur mère ne se réveille pas. Un vieil homme étrange apparaît soudain et leur dit qu’ils doivent élever un dragon pour la sauver. Aidés de trois employés excentriques du café, les jumeaux doivent s’occuper d’un dragon et diriger l’entreprise familiale tout en cherchant à sauver leur mère.