تقدّم LEGO Marvel Super Heroes قصة أصلية تمتد عبر Marvel Universe بأكمله. يتحكم اللاعبون في Iron Man وSpider-Man وHulk وCaptain America وWolverine وكثير من شخصيات Marvel الأخرى، وهم يتحدون لمنع Loki ومجموعة من أشرار Marvel الآخرين من تجميع سلاح خارق قادر على تدمير العالم.