Bu hikâye, önceki oyun Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout olaylarından üç yıl sonra geçiyor ve gerçek, paha biçilmez bir hazineyi keşfetmek için yeni karşılaşmalar ve vedalar yaşayan Ryza ile arkadaşlarının yeniden buluşmasını anlatıyor.