Jest rok 2029, a ludzie mechanicznie ulepszeni zostali uznani za wyrzutków i odseparowani od reszty społeczeństwa. Adam Jensen, obecnie elitarny tajny agent, musi działać w świecie, który nauczył się gardzić takimi jak on. Uzbrojony w arsenał najnowocześniejszych broni i ulepszeń musi wybrać odpowiednie podejście oraz osoby godne zaufania, aby rozwikłać ogromny światowy spisek.